1946 yılında meydana gelen büyük bir yangın sonucunda tamamen harap olmuştur. Bu felaketin ardından, daha büyük ve geniş bir bina olarak bugünkü Hükümet Konağı inşa edilmiştir.
Yeni yapı, uzun dikdörtgen plana sahip olup, bodrum katı üzerine iki kat olarak tasarlanmıştır. Cephesinde düzgün kesme taş malzeme kullanılarak yapılan bina, estetik bir görünüme sahiptir. Kuzey, güney ve doğu cephelerinde olmak üzere üç girişi bulunan konaktaki ana giriş doğu yönlüdür. Doğudaki ana giriş kapısı, diğer girişlere nazaran daha vurguludur ve geleneksel Osmanlı mimarisinin izlerini taşır. Pencereler, yarım oranında dikdörtgen formda ve basık kemerli olarak düzenlenmiştir. Çatı saçakları ise dışarı doğru taşkın bir şekilde yapılmıştır.
Hükümet Konağı, tarihi ve mimari değeri nedeniyle büyük önem taşımaktadır. Bu önemli yapı, Ankara Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kurulu'nun 05.05.1992 tarihli ve 2364 sayılı kararıyla tescil edilmiş ve koruma altına alınmıştır. Bu sayede, gelecek nesiller bu tarihi yapıyı ziyaret ederek Amasya'nın zengin tarihini ve kültürünü daha yakından tanıma fırsatı bulabilirler. Hükümet Konağı, Amasya'nın tarihine duyulan saygının bir ifadesi olarak ayakta durmaya devam edecektir.
Amasya'nın diğer adı
Anadolu'nun eski şehirlerinden biri olan Amasya'nın geçmişi, mitoloji ve tarihle iç içedir. Amasya'nın kurucu tanrısı veya kahramanı olarak Hermes'in kabul edildiği, M.S. 193-211 yıllarında Roma İmparatoru Septimius Severus dönemine ait bir sikke üzerindeki ERMHC KTICAC THN POLIN yazıtından anlaşılmaktadır.
Amasya'nın tarihçesine göz attığımızda, Hitit belgelerinde şehrin ilk adının "Hakmiş [Khakm(p)is]" olduğu düşünülmektedir. Bu ismin, Perslerin Amasya'yı fethine kadar devam ettiği düşünülmektedir. Mitridates Krallığı döneminde şehrin adı "Amasseia" olarak kullanılmış, M.Ö. II. yüzyıldan itibaren Amasya şehir sikkelerinde "AMASSEİA" ibaresi görülmeye başlanmıştır. Coğrafyacı Strabon da Amasya için "Amaseia" ifadesini kullanmıştır.
"Amaseia" sözcüğü, "Ana Tanrıça"yı temsil eden 'Ama' ve onun çeşitlemesi olan 'Mâ' ibaresi ile ilişkilidir. Bu nedenle, Amaseia'nın "Ana Tanrıça Mâ'nın şehri" anlamına geldiği düşünülmektedir. Mâ, Perslerin Anadolu'yu fethinden sonra popüler olan doğu kökenli bir tanrıçadır ve aynı zamanda Mitridates ve Kapadokya'nın yerel tanrıçası olarak bilinir. Amaseia adı, Persler dönemindeki söyleniş şeklinin Hellen ağzına uyarlanmış halidir.
Roma İmparatorluğu döneminde Amasya adı "AMACIAC (Amasia)" olarak kullanılmıştır ve bu ad Bizans İmparatorluğu döneminde değişmeden devam etmiştir. Danişmendliler döneminde bazen "Amasiyye", bazen de "Şehr-i Haraşna" olarak anılan Amasya, Selçuklu, İlhanlı, Beylikler ve Osmanlı İmparatorluğu dönemlerinde de adını koruyarak günümüze kadar gelmiştir. Amasya'nın ismi, tarih boyunca köklerinden aldığı güçle ayakta kalmış ve şehrin zengin tarihini yansıtmaya devam etmiştir.