Bergama Kralı’nın ölümünden sonra M.Ö. 1129’da Romalılar’ın eline geçmiştir. Romalılar bölgeyi, vergi ve kölelik sistemleriyle uzun süre sömürmüş ve baskı altında tutmuştur. M.S. 395’te Roma İmparatorluğu’nun Doğu ve Batı diye ikiye ayrılmasından sonra; Başkenti Kostantinopolis (İstanbul) olan Doğu Roma İmparatorluğu (Bizans)’nda kalan Balıkesir bölgesi için, yeni ve uzun bir dönem başlamıştır. Askeri ve ekonomik yönden oldukça güçlenen Bizans İmparatorluğu bu bölgedeki hakimiyetini uzun yıllar sürdürmüştür.
Hz. Muaviye zamanında Müslüman Araplar, fethedileceği Hz. Peygamber tarafından müjdelenen başkent Konstantiniyye’yi almak için sefere çıktılarında bölge ilk defa Müslümanlarla karşılaşmış ve M.S. 670-678 yılları arasında Arapların idaresinde kalmıştır. İslam ordusu, 678 yılına kadar aralıksız 5 yıl süren kuşatma altında tutmasına rağmen şehri almaya muvaffak olamayınca geri çekilmiştir. Ancak iç savaşlar ve dış saldırılar karşısında iyice zayıflayan Bizans, sonunda derebeylerin eline kalmıştır.
Balıkesir: Anadolu'da Türk dönemi
1071’de Alparslan’ın Bizans İmparatoru Romanos Diogenes’e karşı kazandığı Malazgirt Savaşı’yla Anadolu’nun kapıları Türklere tamamen açılmıştır. Fetihlerle birlikte toplu göçler de devam etmiştir. Böylece Anadolu’da Türk dönemi başlamış olmuştur. Anadolu’da Selçuklu Devletini kuran Kutalmış oğlu Süleyman, İznik’ten sonra Çanakkale, Adalar Denizi (Ege), Lidya ve İyonya taraflarını da ele geçirmiştir. 1076’da Misya şehirlerini Bizanslılardan alarak Türk hakimiyetine kazandırmıştır. Ancak Haçlı seferlerinin neticesinde ve I. Kılıç Arslan’ın da vefatından sonra Selçuklular Batı Anadolu’dan çekilmek zorunda kalmıştır. Misya şehirlerini tekrar ele geçiren Bizanslılar, buralardaki Türk halkına karşı toplu kıyım harekatına başlamıştır.
1206 yılından itibaren Selçuklular’ın Uç Beylikleri’nden olan Türkmenler Misya kentlerine, özellikle Edremit Körfezi civarına akınlara başlamıştır. Bizanslıların çoğu buraları Türklere bırakarak bölgeyi boşaltmıştır. Moğol baskınından kaçan Türk kabileleri de 1260 yıllarında Batı Anadolu ve Marmara Bölgesi’ne gelip yerleşmiş ve bölgedeki Hristiyan nüfus kadar bir çoğunluğa ulaşıp, buraları Türkleştirmiştir. Türkmenlerin dışında diğer Türk boylarına mensup pek çok köylü, tüccar ve zanaatkar da Türkistan’dan gelip bölgeye yerleşmiştir. Bu tarihlerde Selçuklu Devleti iyice zayıflamış ve merkeze uzak bölgelerde kontrolü kaybetmiştir.
Selçuklu Devleti zamanında Anadolu’nun batısına yerleşen bazı Oğuz Boyları buralarda “Uç Beylikleri” kurmuştur. Hem Selçuklu sınırını koruyan, hem de Bizans içlerine akınlar düzenleyen bu uç beyliklerinden bir tanesi de; Batı Anadolu’da Misya’da XIII. yüzyıl sonlarında kurulmuş olan Karesi Beyliği’dir. “Karesi” kelimesi, bölgeye beraberinde büyük bir Türkmen grubuyla gelen ve daha önceleri Selçuklu Devleti’nin önemli bir komutanı olan Karesi Bey (Kara İsa) isminden doğmuştur. Selçuklu Devleti’nin yıkılmasından bir süre önce diğer uç beyleri gibi Karesi Bey de bağımsızlığını ilan etmiş, 1300 yıllarında bölgede Karesi Beyliği’ni kurmuştur. Kendi ismiyle anılan Beyliğinin sınırlarını, Bizanslıların zayıflığından ve beraberinde bulunan Sarı Saltuk’un adamlarından faydalanarak daha da genişletmiştir. Karesi Beyliği, merkez yaptığı Balıkesir’den başka; Bergama, İvrindi, Ayazmend (Altınova), Edremit, Kemer Edremit (Burhaniye), Bayramiç, Ayvacık, Ezine, Fırt (Susurluk), Bigadiç ve Sındırgı yerleşim yerlerine sahip olmuştur. Bu yıllarda Karesi Beyliği, deniz gücü bakımından komşusu bulunan Osmanlı Beyliği hükümetinden daha güçlü durumdaymış. Karesi Bey’den sonra yerine geçen Aclan Bey zamanında, Osmanlı Beyliği ile çok iyi münasebetler kurulmuştur. Hatta oğul Dursun Bey Bursa’da Orhan Gazi’nin yanında bulunmuştur. Aclan Bey’den sonra başa geçen en büyük oğlu Demirhan Bey ise halkına karşı zulüm derecesinde kötü davranmıştır. Bu durumdan şikayetçi olan halk ve beyliğin ileri gelenleri; Bursa’daki Dursun Bey’i davet etmiştir. 1345 yılında Orhan Gazi ile birlikte gelen Dursun Bey, Bergama Kalesi’ne sığınan ağabeyi Demirhan Bey tarafından öldürülmüştür. Bu duruma çok üzülen Orhan Gazi, halkın ve ileri gelenlerin de isteği üzerine Karesi Beyliği topraklarını Osmanlı’ya katmıştır.
Henüz kuruluş döneminde bulunan Osmanlı Devleti, Karesi Beyliği’nin katılımıyla oldukça güçlenmiştir. Ayrıca Karesi’nin ileri gelen kumandanlarından Evrenos Bey, Hacı İlbey, Ece Halil ve Gazi Fazıl Beylerle büyük bir askeri destek kazanmıştır. Nitekim bu beyler, Osmanlı askerî akınlarının başarılı olmasında önemli rol oynamıştır. Özellikle Karesi Beyliği’nden intikal eden güçlü donanma ile Osmanlı ordusu, Rumeli taraflarına kesin zaferlerle sonuçlanan seferler yapmıştır. Böylece Osmanlılar; kendi rızalarıyla bu beyliğe iltihak eden halkla büyük bir Türk kitlesi, değerli komutanlarla da askeri güç ve iyi bir donanma kazanmıştır.
Orhan Gazi Karesi’yi, merkeze bağlı bir sancak haline getirip, adını da değiştirmeden Karesi Sancağı yapmıştır. Sancağın merkezi olan Balıkesir'e, oğlu Şehzâde Süleyman'ı sancak beyi olarak tayin etmiş ve “Karesi”, aynı zamanda bir Şehzâde Sancağı olmuştur.
Yıldırım Beyazid’in 1402’de Timur’a Ankara’da yenilmesinden sonra Balıkesir ve civarı da Timur ordusunun yağmasına maruz kalmıştır. Duraklayan Osmanlı Devleti topraklarında beylikler kurulmaya ve kardeşler de aralarında taht kavgalarına başlamıştır. Bu durum Timur’un Anadolu’dan çekilmesine ve Çelebi Mehmed’in Osmanlı Devleti’ni tekrar toparlamasına kadar sürmüştür.
Tekrar eski dirlik ve düzenine kavuşan ülke; ilerleme ve yükselme dönemlerinde zaman zaman meydana gelen kıtlık (1502), çekirge salgını (1525), medrese talebeleri (suhte) isyanı (1572) ve diğer isyanlar gibi bir takım olumsuz olaylara sahne olmuş, Balıkesir ve civarı da bu hadiselerden etkilenmiştir.
XVII. yüzyılın sonlarında meydana gelen göç hareketlerinde Balıkesir yöresine çok sayıda Yörük, Türkmen ve Çepni gibi muhtelif Türk boyları gelip yerleşmiştir. İleriki yıllarda da devam eden göç problemini kökünden halletmek isteyen devlet, XIX. yüzyılda planlı bir iskan politikası takip etmiş, göçebe halde yaşayan pek çok aşiret ve topluluğu uygun yerlere yerleştirmiş ve onların yerleşik düzene geçmelerini sağlamıştır.
Osmanlı Devleti idaresi altındaki Karesi; devletin kuruluş ve yükseliş dönemlerinin sevinç ve refahını yaşamış; duraklama ve gerileme dönemlerinin de üzüntü ve sıkıntılarına ortak olmuştur. Böylece gerek ülke genelinde ve gerekse bölgede yaşanan ekonomik, siyasi, askeri ve idari pek çok olaylar neticesinde, Osmanlı Devleti’nin son dönemleri sayılabilecek 1800’lü yılların sonlarına gelinmiştir.
Osmanlı Devleti’nin aldığı dış borçları ödeyemeyerek mali iflas yaşaması sonucu alacaklarının tehlikeye düşmesinden korkan Avrupa Devletleri, 1880’de Duyûn-ı Umûmiye (Genel borçlar) idaresini kurdurmuştur. Duyûn-i Umûmiye şubeleri ile devlet gelirlerinin bir kısmını doğrudan toplamıştır. Memleketin her yerinde olduğu gibi, Balıkesir, Ayvalık ve Bandırma gibi bölgenin yüksek gelirli yerlerinde de yıllarca faaliyet göstermiştir.
Balıkesir, Osmanlı Devleti’nin “93 harbi” diye anılan 1877-1878 yılındaki Osmanlı-Rus Savaşı ve 1912-1913 yıllarında Balkan Harbi’nde yenilmesi sonucu Balkanlardan çok sayıda göç almıştır. Rus ve Bulgarların katliamından kaçabilen pek çok insan Balıkesir ve civarına gelmiş ve yerleşmişlerdir. Ayrıca Rusların eline geçen Kafkasya toprakları ve özellikle Kırım’dan da kitleler halinde gelen insanlar bölgenin çeşitli yerlerinde iskan edilmiştir.
1914-1918 yılları arasında cereyan eden I. Dünya Harbi’ne giren Osmanlı Devleti askerlerinin çarpıştığı pek çok cepheden bir tanesi de, bölgedeki Çanakkale Savaşı Cephesi olmuştur. Bu savaş, ülkenin her tarafında olduğu gibi Balıkesir’i de olumsuz etkilemiştir. I. Dünya Savaşı’ndan yenik çıkan ve oldukça zayıflayan Türklerin bu durumunu fırsat bilen Yunanlılar, gözlerini Batı Anadolu topraklarına dikmiştir. Yunanistan’ın buraları işgal etmesini diğer Avrupa Devletleri de desteklemiştir. İtilâf Devletleri’nin tehditleri altında bulunan ve yeterli askeri, silahı olmayan, devletinin de aciz kaldığını gören Türk Halkı, müdafaa cemiyetleri kurmaya başlamıştır. 15 Mayıs 1919’da İzmir’e giren Yunanlılar işgallerini Anadolu’nun içlerine doğru yaymaya başlamıştır. Balıkesir bölgesinde ilk defa 29 Mayıs’ta Ayvalık işgal edilmiş ve Yunanlılara karşı ilk silahlı mücadele Ayvalık’ta gerçekleşmiştir. Bu arada Balıkesir’de 18 Mayıs’ta Vehbi (Bolak) Bey’in başkanlığında “Redd-i İlhak” heyeti oluşturulmuştur. Alaca Mescid’de oluşturulan 41 kişilik bu heyet hemen faaliyetlere başlamış, 26-31 Temmuz 1919 ve 16-22 Eylül 1919 tarihlerinde yapılan I. ve II. Balıkesir Kongreleri neticesinde her bölgede Kuva-yi Milliye teşkilatları kurulmuştur.
Milli Mücadele için İstanbul’dan Balıkesir’e gelen yüzbaşı Kemal hemen askeri birlikler oluşturmaya başlamış. Bu birlikler işgali önlemek için yer yer Yunanlılarla çarpışmıştır. Soma ve Akhisar cephesi bunların en önemlisi olmuştur. Fakat yeterli asker ve silahı bulunmayan Milli kuvvetler; hem sayıca çok hem de teçhizat olarak güçlü Yunan karşısında ancak bir yıl dayanabilmiştir.
Soma-Akhisar cephesinin dağılmasıyla, 22 Haziran 1920’den itibaren Yunan işgali içerilere doğru yayılmaya başlamış. Halka da çok eziyet eden Yunanlıların en büyük yardımcıları, daha önceden buralarda yaşayan yerli Rumlar olmuştur. Yıllarca beraber yaşayan bu insanlar, şartlar değişince daha önceden kendilerinden hiçbir kötülük görmedikleri Türklere ihanet etmiştir. Kazaları işgal eden Yunanlıları, Kuva-yi Milliye güçleri hiçbir zaman rahat bırakmamış, direniş ve baskınlarla onları yıldırmıştır. Bu arada Anadolu’da Türk Halkını Yunanlılar’a karşı direnmeye çağıran ve düzenli bir ordu kurmaya çalışan Mustafa Kemal’e Balıkesir’liler destek vermiş ve işbirliğinde bulunmuştur. Türk Milli Mücadelesinde tarihi açısından bu şehrin çok ayrı ve özel bir yeri olmuştur. Sakarya Zaferi’yle Anadolu topraklarının sahibi olduğunu bir defa daha ispatlayan Türkler, 9 Eylül 1922’de İzmir’de Yunanlılar’ın denize dökülmesiyle Kurtuluş Savaşı’ndan başarıyla çıkmıştır. Eylül ayının ilk haftasındaki 3-4 gün içinde bütün Balıkesir ve kazaları kurtulmuştur. Bu arada Osmanlı Devleti de yerini Türkiye Cumhuriyeti Devletine bırakarak tarih sahnesinden çekilmiştir.
