İzmir, körfezin kuzeydoğusunda, yüzölçümü yaklaşık yüz dönüm olan bir adacık üzerinde yer almaktaydı. Yüzyıllar içinde, Meles Irmağı'nın getirdiği mil ile bugünkü Bornova ovası oluştu ve adacık zamanla bir tepe halini aldı.
İzmir: Kazılar kentin tarihini aydınlattı
Tepekule adını taşıyan bu höyüğün üzerinde, günümüzde Tekel Müdürlüğü'ne ait İzmir Şarap ve Bira Fabrikasına ait numune bağı bulunmaktadır. 1955'ten beri gecekondu bölgesi olan bu çevrede, İzmir'deki ilk yerleşim yeri olarak tespit edilen İzmir Höyüğü bulunmaktadır. Türk Tarih Kurumu ve Eski Eserler ve Müzeler Genel Müdürlüğü'nün katkılarıyla gerçekleştirilen kazılar, kentin tarihine ışık tutmuştur.
Batı Anadolu kıyılarındaki ilk yerleşimler genellikle, Troya Savaşları sonrasında kurulan Aiol, İon ve Dor kökenli küçük yarımadalarda yer almaktaydı. İzmir, Çandarlı, Foça, Klazomenai, Miletos ve İasos gibi yerleşimler, genellikle Hellenlilere ait olan insanlar tarafından kurulmuş ve bu topraklarda yerleşmişti. Bu yerleşimler, iki limana sahip olmaları ve karadan gelebilecek saldırılara karşı korunaklı olmaları nedeniyle stratejik bir konumda yer almaktaydı.
Eski İzmir yerleşimi, Bayraklı Höyüğü'nün kuzeydoğu köşesinde, kuzeyde sarp kayalı Yamanlar Dağı'nı alarak karadan gelebilecek saldırılara karşı güvenli bir konumda bulunmaktaydı. Ayrıca güneyi ise İmbat Denizi'ne açık bir konumdaydı. Ancak, M.Ö. 4. yüzyılın ikinci yarısında yaşanan büyük nüfus artışı nedeniyle yerleşim Kadifekale'nin eteklerine taşındı. İzmir, yaklaşık 3000 yıl boyunca bu yarımadada varlığını sürdürdü.
Athena Tapınağı M.Ö. 545 tarihlerinde terkedilmiş olmasına rağmen, eski İzmir'in önemi ve işlevi bir süre daha devam etti. Ancak M.Ö. 5. yüzyıl boyunca, küçük ancak zengin bir yerleşme olarak bilinen Bayraklı Höyüğü, özellikle M.Ö. 5. yüzyılın sonunda ve 4. yüzyıl boyunca yoğun bir iskana sahne oldu. Bu dönemde, ortalarında büyük avlular bulunan üç ev gün ışığına çıkarıldı. Bu evlerin biri 5, biri 8 ve diğeri 15 odalıydı. Bu evlerin, muhtemelen Pers etkisine uyarak tyrant (tek hakim) olan beylere ait olduğu düşünülmektedir, çünkü bu dönemde Larissa'daki gibi.
Yamanlar Dağı'nda bulunan ve 4. yüzyıla ait olduğu düşünülen düzgün krepisli mezar tümülüsleri, önemli kişilerin mezarları olabileceğini düşündürerek bu tezi desteklemektedir.
Bu büyük evlerin yanı sıra, Bayraklı Höyüğü'nde megarondan bozma dörtgen planlı küçük evler de bulunmaktaydı. 4. yüzyıl boyunca höyüğün üst kısmının evlerle kaplı olduğu söylenebilir. Anadolu'daki Pers işgali, 4. yüzyılda zayıflamış gibi görünmüş ve bu durum Ion kentlerinin büyümesine yol açmıştır. Nüfus artışıyla birlikte, M.Ö. 300 civarında, Bayraklı Höyüğü İzmirliler için küçük gelmiş olacak ki yeni İzmir kenti, Pagos eteklerinde kuruldu.
Büyük İskender'in M.Ö. 333'te İssus'ta Pers Kralı Dareios'u mağlup etmesi ve ardından bütün doğuyu fethetmesiyle Hellen dünyası büyük bir refah dönemine girdi. Kentler nüfus patlamalarına tanık oldu ve Hellenistik Dönem'de İskenderiye, Rodos, Bergama ve Efes gibi şehirler 100 binin üzerinde nüfusa ulaştı. Küçük bir tepecik üzerine kurulu eski İzmir kentinin surları içinde birkaç bin kişi yaşayabiliyordu. Bu nedenle en geç M.Ö. 300 civarında, Kadifekale'nin eteklerinde yeni ve büyük bir kent kuruldu.
Tarihçi Strabon'un ifadesine göre, Smyrna, M.Ö. 1. yüzyıla geçiş sırasında İon kentleri arasında en güzel olanıydı. Kent, o dönemde küçük bir bölümü Pagos'un üzerinde bulunuyordu; ancak büyük çoğunluk liman çevresinde düz arazi üzerine yerleşmişti. Ana tanrıçanın tapınağı ve gymnasion da bu bölgede konumlanmıştı. Strabon'un anlattığına göre, cadde düzenlemeleri düz ve büyük taşlarla kaplıydı. Aristeides, kentin doğu-batı yönünde uzanan iki ana yolunun (Kutsalyol ve Altınyol) bulunduğunu ve bu yolların denizden gelen esinti ile serinletildiğini belirtmiştir. Ayrıca, Strabon, İzmir'de Homerosion adı verilen bir stoanın varlığından bahseder, içinde Homeros'un heykeli bulunan bu yapının belki de bir peristil ev olduğunu düşünmektedir.
Roma Çağı'nda İzmir'de inşa edilen yapılar arasında Pagos Dağı'nın kuzeybatı eteğinde bulunan tiyatro ve batıdaki stadyumdan pek az iz kalmıştır. Ancak Devlet Agorası oldukça iyi korunmuştur. Agora, 120x80 metre uzunluğunda geniş bir avluya sahipti ve doğusunda ile batısında birer stoası vardı, her ikisi de iki katlıydı. Ayrıca, 28 metre uzunluğunda bir bazilika da bulunmaktaydı. M.Ö. 1. yüzyılda Roma'nın egemenliğine giren İzmir, ikinci bir altın çağı yaşamaya başlamıştır.
İncil'de bahsedilen "Yedi Kiliseler" topluluğundan biri olan Smyrna, Hristiyanlığın gelişiminde önemli bir role sahiptir. İzmir'in ilk başpiskoposu olan St. Polycarp, havari ve İncil yazarı St. John'un ilk müridlerinden biridir. M.S. 70 civarında Anadolu'da doğan St. Polycarp, inancından dolayı M.S. 155'te İzmir Akropolü üzerinde bulunan stadyumda Romalılar tarafından yakılarak ölüme mahkum edilmiştir.
M.S. 395 yılında Roma İmparatorluğu'nun ikiye bölünmesiyle İzmir, Bizans olarak bilinen Doğu Roma İmparatorluğu'nun bir parçası olur. Bizans döneminde kent, Araplar, Selçuklular, Haçlılar ve Cenevizliler arasında birçok savaşa sahne olur. Araplar, 672 yılında İzmir'i denizden ele geçirip İstanbul'a akınlarında bir üs olarak kullanmışlardır. Türkler, İzmir'i ilk kez 11. yüzyıl sonlarında Kutalmışoğlu Süleyman Şah komutasında ele geçirir. Cenevizliler, kenti Aydın Emiri Umur Bey'e kadar kontrol altında tutarlar. 1344 yılında Cenevizliler, St. Peter Kalesi'ni tekrar ele geçirir. Ancak, 1422'de II. Murat tarafından zaptedilen İzmir, Osmanlı İmparatorluğu'nun bir parçası olur.
Osmanlı İmparatorluğu'nun 1620 yılında yabancılara tanıdığı ticaret haklarıyla birlikte İzmir, önemli bir ticaret merkezi haline gelir. 18. ve 19. yüzyıllarda Fransız, İngiliz, Hollandalı ve İtalyan tüccarların ilgisini çeker. Ancak, I. Dünya Savaşı'nın ardından 15 Mayıs 1919'da Yunan ordusu tarafından işgal edilen İzmir, 9 Eylül 1922'de Türk ordusu tarafından kurtarılır.
Ancak, kurtuluşun hemen ardından, 13 Eylül 1922 sabahı tarihinin en büyük felaketlerinden biri yaşanır. Basmane semtinde başlayan yangın, 2.600.000 metrekarelik bir alanda 20.000'den fazla ev ve işyerini tahrip eder. Ne yazık ki, bu yangın kentin dörtte üçünü tahrip etmiştir. Ancak, yeni kurulan Türk Cumhuriyeti ile birlikte İzmir, zümrütü anka kuşu gibi kendi küllerinden yeniden doğar.
