Bölgeye yerleşen Karia halkı, ilk çağlarda bölgeye "Karia" adını vermiştir. Ancak, tarihsel kayıtlar Hititlerle başlamaktadır; zira Hititler, bu topraklara "Lugga" ismini vermişlerdir.
Muğla: Zengin tarihi ön planda
İmparatorluğun parçalanmasının ardından, Frigler bölgeye egemen olmuş, Lydia Krallığı da daha sonra kontrolü ele geçirmiştir. Bu süreçte, Dor ve Ion halkları da bölgeye göç etmiştir. M.Ö. 546 yılında Pers İmparatorluğu'nun, M.Ö. 334 yılında Büyük İskender'in hakimiyetinin ardından, bölge farklı imparatorlukların egemenliği altına girmiştir. M.Ö. 189'da Bergama Krallığı, M.Ö. 133'te Roma İmparatorluğu ve Roma'nın bölünmesi sonrasında Doğu Roma İmparatorluğu'nun kontrolü altına girmiştir.
Türklerin bölgeye hakim olması ise 1284 yılında, Uç Beylerden Menteşe Bey tarafından gerçekleşmiştir. 1391'de Yıldırım Beyazıt'ın önderliğindeki Osmanlı İmparatorluğu, Muğla'yı topraklarına katmıştır. Ancak, 1402'de Timur'un hakimiyetine geçmiş, Timur ise bu yöreyi tekrar Menteşe Beyliği'ne bırakmıştır. 1425'te II. Murat döneminde, Menteşe Bölgesi tamamen Osmanlı İmparatorluğu'nun egemenliğine girmiştir.
Osmanlı döneminde Muğla, önemli bir merkez haline gelmiştir. Menteşe Beyliği zamanında merkez Milas iken, Osmanlı İmparatorluğu'nun hakimiyetiyle Muğla merkez olmuştur. Bu dönemde, Muğla'dan çıkan Menteşe Beyliği'nin soyundan gelenler, Yunanistan, Muğla kıyıları ve adalarına akınlar düzenlemiş, hatta bir süre Rodos adasını kontrol altına almışlardır.
Osmanlı İmparatorluğu'nun genişlemesi sırasında, 1522'de Kanuni Sultan Süleyman önderliğindeki Osmanlı kuvvetleri, hem Rodos adasını hem de Bodrum Kalesi'ni ele geçirerek Muğla'yı tamamen Osmanlı İmparatorluğu'na katmıştır. Muğla, tarihi boyunca çeşitli medeniyetlere ev sahipliği yapmış, stratejik önemi ve zengin kültürel geçmişiyle günümüzde de dikkat çeken bir şehir olarak varlığını sürdürmektedir.
Muğla şehrinin ismiyle ilgili çeşitli söylentiler bulunmaktadır. En yaygın olanına göre, Selçuklu Sultanı Kılıçarslan'ın komutanlarından biri olan "Muğlu" Bey'in adından türemiştir. Bu söylentiye göre, Muğlu Bey'in bu bölgeyi fethetmesi sonucunda şehre adı verilmiş ve zaman içinde "Muğla" şeklinde evrim geçirmiştir. 1889 Aydın Vilayet salnamesinde ise kentin ortaçağdaki adı olarak "Mobella" ismi geçmektedir.
Muğla, tarihi boyunca önemli bir direnişe sahne olmuştur. Kurtuluş Savaşı sırasında, 11 Mayıs 1919 tarihinden itibaren İtalyan işgali altına giren Muğla, Menderes'in güneyindeki ulusal güçlerle pazarlık yapma ihtiyacı hissetmiştir. Ancak, Muğla ve çevresindeki ulusal direniş çalışmaları, özellikle Yörük Ali Efe'nin liderliğindeki direnişçilerin etkisiyle işgali göze alamayan İtalya'yı pazarlık masasına oturtmuştur.
Muğla'da alınan kararlar doğrultusunda Vatan Müdafaa Cemiyeti, Serdengeçtiler Müfrezesi, Muğla Kuvayi Milliyesi gibi direniş komiteleri oluşturulmuştur. 1920'de Ankara'da açılan 1. Dönem Büyük Millet Meclisi'nde 6 milletvekiliyle temsil edilen Muğla, ulusal mücadeleye önemli katkılarda bulunmuştur. Muğlalılar, oluşturdukları direniş gruplarıyla Yunanlılara karşı Aydın cephesine gönderilen gönüllüler arasında yer almış ve Ege'de 57. Tümenle birleşerek düşmana ağır kayıplar verdirmişlerdir.
Muğla, Ege illeri arasında işgal sırasında en fazla şehit veren il olmuştur. Muğla halkı, içsel durumun karmaşıklığını iyi değerlendirerek, işgal süresince hem Yunanlılarla hem de İtalyanlarla başa çıkmıştır. İtalya'nın iç siyasi dalgalanmalarını öne sürerek 2. İnönü Zaferi'nin ardından 5 Temmuz 1921'de Muğla'dan ayrılmasıyla Muğla özgürlüğüne kavuşmuştur. Bu direniş ve zafer, Muğla'nın tarihinde önemli bir dönemeçtir, şehir özgürlüğüne bu mücadele sayesinde kavuşmuştur.