Yöre tarihi, arkeolog Kurt Bittel'in çalışmalarına dayanarak Neolitik (M.Ö. 6. bin) ve Kalkolitik (M.Ö. 5. bin) Dönem'e kadar uzanmaktadır. Mysia'daki Olympos yamaçlarına yerleşen ve daha sonra Aisepos Ovası'na inen Dolionlar, Kyzikos'un en eski sakinleri olarak bilinir. Bu sebeple bölge aynı zamanda Dolionia veya Dolionis olarak anılır.
Gürcistan'da (Kolkhis) bulunan altın postu ele geçirmek amacıyla yola çıkan Argonautlar, Yunan mitolojisine göre Kyzikos'a uğrarlar. Kral Kyzikos, Argonautları misafirperver bir şekilde karşılar, onları ağırlar ve kumanyalarla donatılmış bir şekilde uğurlar. Ancak Argonautlar bir fırtınaya yakalanarak karaya çıkarlar. Gece karanlığında tekrar Dolonia topraklarına çıktıklarını fark etmeyen Argonautlar, Kral Kyzikos'u ve beraberindekileri düşman sanarak bir çatışmaya girerler. Bu çatışmada Kral Kyzikos hayatını kaybeder ve şehir, onun ölümüyle adını Kyzikos olarak alır.
Kyzikos'un ölümünün ardından Tirrhenialı Pelesgoslar şehri işgal etti. Daha sonra M.Ö. 1200'lerde Ege ve Balkanlardan göç eden kavimlerle tanıştılar. Miletos'un bir kolonisi olarak varlığını sürdüren Kyzikos, Lydia Devleti'nin M.Ö. 546'da Kyros tarafından yıkılmasıyla Pers egemenliğine geçti. M.Ö. 364'te bağımsızlığını kazanan Kyzikos, M.Ö. 334'te Büyük İskender'in Persleri mağlup etmesiyle Makedonyalılar'ın kontrolüne geçti. M.Ö. 3. yüzyılda Marmara Denizi'nde ticaret yolları üzerinde stratejik bir konuma sahip olan Kyzikos, M.Ö. 2. yüzyılda Bergama ile iyi ilişkiler kurarak bilim ve kültürde önemli bir merkez haline geldi. Ancak Bergama'nın Romalılar tarafından ele geçirilmesiyle Kyzikos da Romalılar'ın egemenliği altına girdi.
Konstantinus, M.S. 324 yılında Byzantion'u Doğu Roma İmparatorluğu'nun başkenti yaparak, Kyzikos'un kaderini değiştirdi. Ancak, güçlü surlarla çevrili olan Byzantion, kuzeyden gelebilecek tehlikelere karşı korunaklıydı. Ne var ki, diğer yönlerden gelen akınlar Kyzikos'u sürekli bir tehdit altında bıraktı ve şehrin yavaşça çöküşüne neden oldu. M.S. 7.-8. yüzyıllarda, Kyzikos artık idari veya askeri bir merkez olmaktan çıkmıştı. Darphanesi terkedilmiş, geçidi dolmuş, surları ve binalarının bir kısmı yıkılmıştı. Bu güzel şehir, Konstantinopolis üzerinden yapılan saldırılara açık hale gelmişti.
Kyzikos'un düşüşü, ardı ardına gelen deprem ve istilaların bir sonucuydu. Limanlarının dolması nedeniyle mükemmel doğal limanı olan Arteke (Erdek) şehri, gemicilik ve liman faaliyetleri açısından yavaşça Kyzikos'un yerini almıştı. Ancak Arteke de deprem ve akınların etkisiyle zarar gördü ve bir varlık gösteremedi.
Arapların İstanbul'u ele geçirmek amacıyla Kyzikos'u ziyareti ve depremlerin etkisiyle zarar gören Kyzikos, korkunç bir depremle 23 Eylül 1063'te tamamen yıkıldı. Şehirde kalanlar, yerleşim yerini terk etmeye başladılar. Kapıdağ Yarımadası'nı anakaraya bağlayan berzah, bu eski kentin ticaret ve kültürdeki önemini kaybetmesine sebep oldu.
Kyzikos, üç limanı, Hadrian Tapınağı ve amfitiyatrosuyla antik bir ticaret şehriydi. Ancak üç büyük deprem, berzahtaki limanın dolması ve bataklığın sıtma yaratması, halkın bugünkü Erdek'e göç etmesine neden oldu. Bu depremler, Efes'in görkemi gibi parlayan bu kenti, tarihin derinliklerine gönderdi ve unutulmaya terk etti.
