Yaşar Kemal, Ağrı Dağı Efsanesi'nde Halk Edebiyatı'ndan geniş ölçüde ilham almıştır. Hikayede at, kutsal meşe ağacı, demirci gibi destansı öğelerin yanı sıra sofi, kervan şeyhi, paşanın kızını vermek için Ahmet'in dağın doruğuna çıkıp ateş yakması gibi hikaye ve masal motifleri de bulunmaktadır. Romanda işlenen efsanenin özeti şu şekildedir:
Ağrı Dağı'nda bulunan ve Küp Gölü olarak adlandırılan göl çevresinde, çobanların her bahar mevsiminde düzenledikleri bir törenle başlar hikaye. Çobanlar, karlar eridikten ve toprak yeşermeye başladıktan sonra bir sabah gün doğmadan Küp Gölü etrafında toplanır. Ağrı Dağı'nın Öfkesi adı verilen nağmeyi çalarlar ve gün batımına kadar bu töreni sürdürürler. Gün batımında küçük beyaz bir kuş gelir, gölün mavi sularına bir kanadını üç kez daldırıp çıkarır. Ardından iri bir atın gölün üstüne düşen gölgesini gözlemlerler. Bu anlatı, romanda birkaç kez daha tekrarlanır. Romanın geri kalan kısmı, bu anlatıya ve törene kaynaklık eden olayları detaylı bir şekilde anlatır.
18. yüzyılda Beyazıt, bir sancak merkezi olarak öne çıkmaktadır. Beyazıt Paşası Mahmut Han, yönetimi elinde tutmaktadır. Mahmut Han'ın kır atı, Gürbulak Açık Pazar Yeri ve Meteor çukurunun karşısında yer alan, şu an İran sınırları içinde bulunan Sorik köyündeki Ahmet'in evinin kapısına gelir.
Ahmet, atın Sofi adındaki yaşlı bir kişi tarafından getirilmesinin sebebini bilmemektedir. Sofi, Ahmet'e atın neden orada olduğunu sorar. Ahmet, atla ilgili herhangi bir bilgiye sahip olmadığını belirtir. Bunun üzerine Ahmet, töreye uyarak atı uzak bir yere bırakır. Ancak her seferinde eve döndüğünde atı Sofi'nin yanında görür. Bu olayı üç kez tekrarlar ve her seferinde aynı sonuca ulaşır. Sofi, atın töreye göre Ahmet'e ait olduğunu ve gerçek sahibinin kim olursa olsun, onun geri alamayacağını söyler. Ahmet, bu gösterişli atı sahiplenir ve "At benim kısmetimdir" der.
Bu sırada Mahmut Han, kaybolan atını aramaktadır. Ancak Ahmet, atını vermeye yanaşmaz. Mahmut Han, çevredeki beyleri toplar ve onlar aracılığıyla atını istemeye karar verir. Ahmet, töreye göre atın kendisine ait olduğunu ve kimseye veremeyeceğini savunur. Mahmut Han, atını almak için Ağrı Dağı'na gider, ancak Sofi'den başka kimseyi bulamaz ve Sofi'yi zindana attırır. Çevredeki beyler, Mahmut Han'a atı, Ahmet'i ve köylüleri bulacaklarına dair söz verirler. Mahmut Han, onlara armağanlar verip gönderir.
Zindanda bulunan Sofi'ye Mahmut Han'ın üç kızından biri olan Gülbahar ilgi gösterir. Sofi, Gülbahar'a kaval çalar ve Ağrı Dağı'nın Öfkesi adı verilen nağmeyi çalar. Mahmut Han, Sofi'ye, at ve Ahmet bulunursa onu zindandan çıkarabileceğini söyler, ancak Sofi bunun mümkün olmadığını belirtir. Milan aşiretinden Musa, Ahmet'i ikna etmek için Hakkari'ye gönderilir. Ahmet ve köylüler geri getirilir, ancak Ahmet ve Musa, kandırılmışlardır ve ikisi de zindana atılır. Gülbahar, zindana gizlice yemek götürmeye devam eder.
Bu sırada Ahmet'i gören Gülbahar, farklı bir ruh haline bürünür. Ahmet'e duygusal bir yakınlık hissetmeye başlar ve bir gece Zindancı Memo'dan izin alarak Ahmet'le görüşür. Ertesi gece Zindancı Memo, istemeye istemeye yine izin verir Gülbahar'a. Mahmut Han, kaybolan atının 40 gün içinde iade edilmesini ister, aksi takdirde zindandaki Sofi, Ahmet ve Musa'nın öldürüleceğini belirtir. Bunun üzerine Gülbahar, atı Ağrı Dağlılardan istemeyi düşünür. Yardım etmesi için konuyu kardeşi Yusuf'a açar. Yusuf, bu fikre şiddetle karşı çıkar, ancak bu konuyu kimseye açmayacağına söz verir. Gülbahar, Sofi'yi de ikna edemez. Demirci Hüso'ya başvurur ve o da Gülbahar'ı Kervan Şeyhi'ne yönlendirir. Kervan Şeyhi, Kervankıran yıldızına bakar ve yıldızın bir tarafının aydınlık, bir tarafının karanlık olduğunu söyler ve derdinin dermanının olduğunu ifade eder.
Ertesi gece Demirci Hüso'nun dükkanının önünde bir at görür Gülbahar. Demirci Hüso gidip Mahmut Han'ın kaybolan atını getirir. O gece Gülbahar ve Ahmet, Zindancı Memo'nun odasında birlikte olurlar. Zindancı Memo kıskançlık içindedir. Gülbahar ve Ahmet, Zindancı Memo'nun odasında uyudukları sırada o, elinde kılıcıyla birkaç kez gelir. Ancak onları öldüremez. Mahmut Han getirilen atın kendisinin olmadığını belirtir. Etrafındaki beylerden biri atın Mahmut Han'a ait olduğunu söyler gibi yapar, ancak Mahmut Han öfkelenir. Beyazıt'a tellal yollar. Tellallar, zindanda bulunan üç kişinin cumartesi günü sabahleyin asılacaklarını bildirir. Demirci Hüso, atı alır ve salar. At, Beyazıt'ta şahlanır ve Ağrı Dağı'na doğru koşar.
Gülbahar, ne yapacağını bilemeyecek kadar çaresiz bir durumdadır. Zindanın olduğu yere gider. Kendinden geçmiş bir halde, "Ahmet öldürülürse ben de kendimi sarayın uçurumundan atarım" der. Zindancı Memo, bunu duyar. Gülbahar, zindandaki üç kişinin serbest bırakılması için Memo'ya yalvarır ve ne isterse yapacağını söyler. Memo, bir tutam saç ve bu gecenin ve kendisinin unutulmamasını isteyerek anlaşmayı yapar. Gülbahar, anlaşmayı kabul eder ve bir tutam saç verir. Memo, zindandaki üç kişiyi serbest bırakır. Güneş doğunca cellatlar zindanın kapısına gelir. Memo, mahkumları salıverdiğini söyler. Cellatlar, onunla çarpışmaya başlar ve bu çarpışma sarayın uçurumuna kadar devam eder. Uçurumun kenarında Memo, kendini aşağı bırakır ve ölür. Elinde bir tutam saç vardır.
Sarayda cereyan eden bu olağanüstü olayları öğrenen Yusuf, büyük bir korku içinde sarsılır. Babasına her şeyi anlatma düşüncesiyle 3 gün boyunca hasta yatar. Bu süre zarfında, Gülbahar'la konuşur ve kaçmayı veya her şeyi babasına anlatmayı teklif eder. Yusuf, babasının İsmail Ağa'ya gelip ona yalvarmazlarsa ikisinin de gözlerinin oyulacağını söylediğini duymuştur. Yusuf, olan biteni babasına detaylı bir şekilde anlatır. Gülbahar hapsedilir, kuyuya kapatılır ve başına iki nöbetçi konur.
Bu haber kısa sürede çevre illerde duyulur. Çevre köylerden insanlar saraya akın eder, kafileler halinde gelirler. Mahmut Han, bu büyük kalabalıktan korkar ve Gülbahar'ı onlara vermeye zorlanır. Ahmet ve Gülbahar, Kervan Şeyhi'ne götürülür. Şeyh, onları Hoşap Kalesi'nin beyine yönlendirir ve yanlarına halifesi Ibrahimi de eklenir. Hoşap Kalesi'nin Beyi, Ahmet ve Gülbahar'a sahip çıkar. Ancak Molla Muhammet adlı birini Mahmut Han'a gönderir. Ancak gelen haberler pek iç açıcı değildir. Mahmut Han, genç çifti geri istemektedir, ancak Hoşap Kalesi'nin Beyi, onları vermeye yanaşmaz.
Ahmet ile birlikte ava çıkarlar. Mahmut Han aynı zamanda bir Osmanlı paşasıdır ve çevresindeki bazı beyleri Hoşap Kalesi'ne gönderir. Ancak onlar da elleri boş geri döner. Mahmut Han'ın talepleri karşılık bulmaz.
Mahmut Han, Erzurum'daki Rüstem Paşa'ya mektup yazarak yardım ister, ancak Rüstem Paşa, kızını Ahmet'e vermesi gerektiğini belirterek alaycı bir mektup gönderir. Hoşap Kalesi'nin Beyi, Mahmut Han'a Molla Muhammet'i tekrar gönderir ve Bey'in ne yapılması gerekiyorsa yapmaya hazır olduğunu bildirir. Mahmut Han tedirgin bir halde, çevredeki halkın saraya saldırmasından ve Osmanlı'nın gözünden düşmekten endişe duyar. Sonunda, kızını bir şartla verme konusunu kabul eder: Ahmet'in Ağrı Dağı'nın tepesine çıkarak büyük bir ateş yakması gerekmektedir. Ahmet, bu şartı kabul eder.
Her geçen dakika daha fazla insan olayı görmek amacıyla gelir ve Mahmut Han ile İsmail Ağa daha fazla gerilim içine girer. Bu gerilim, Ahmet'in zirveye çıkamaması durumunda kızı verme kararı almasına yol açar. Sonunda Ahmet, ateşi yakar. Gelir, kızını alır ve ayrılır, ancak ona dokunmaz. Kız, nedenini sorar. Ahmet, onu nasıl kurtardığını sorar. Gülbahar, hikayeyi anlatır. Ahmet ayrılır ve onu takip eder. Ancak Gülbahar, onu Küp Gölü olarak bilinen gölde kaybeder.
Efsanenin sonunda, çobanların her yıl bahar ayında gerçekleştirdikleri törensel uygulamanın ayrıntıları tamamlanır.
O günden beri, Küp Gölü'nün kıyısından geçenler, göl kıyısında oturan, kara, ışıl ışıl ve uzun saçlarını sırtına sermiş, başını iki ellerinin arasına alarak gözlerini derin mavi suya diken Gülbahar'ı gördüklerinde hayret içinde kalırlar. Arada sırada Ahmet, gölün sularında belirir ve Gülbahar'ın gözlerine görünür. Gülbahar kollarını açar, Ahmet'e doğru yürür ve "Ahmet, Ahmet!" diye bağırır. O'nun sesi bütün dağlarda yankılanır. "Ahmet, Ahmet! Eğer sen de benim yerimde olsaydın, aynı şeyi yapardın. Yeter artık, gel Ahmet. Ahmet!" Göl kaynar, Ahmet silinir, Gülbahar silinir ve küçük bir beyaz kuş, kanadını suyun derin mavisine batırır. Ve ardından bir atın siyah gölgesi gölün üstünden geçip gider.
