Bu topraklar, Truva, Hitit, Frig, Pers, Büyük İskender ve Bergama krallıklarının egemenliği altında geçmiştir. M.Ö. 129'da Roma İmparatorluğu'nun kontrolüne giren bölge, uzun yıllar Roma'nın vergi ve kölelik sistemine tabi tutulmuştur.
MS 395'te Roma İmparatorluğu'nun Doğu ve Batı olarak ikiye ayrılmasıyla Balıkesir, Doğu Roma İmparatorluğu'nun sınırları içinde kalmıştır. Bu dönemde Bizans İmparatorluğu askeri ve ekonomik olarak güçlenmiş ve bölgede uzun süre hâkimiyetini sürdürmüştür.
Balıkesir, MS 670-678 yılları arasında Müslüman Araplar tarafından ele geçirilmiştir, ancak iç savaşlar ve dış saldırılar sırasında Bizans İmparatorluğu'nun zayıfladığı bir dönemde, bölge derebeylerin denetimine girmiştir.
1071'de Malazgirt Meydan Muharebesi'nde Alparslan'ın zaferi, Anadolu'nun kapılarını Türklere açmıştır. Bu dönemde Selçuklular Anadolu'ya yerleşmeye başlamış, Balıkesir ve çevresi de Türk egemenliğine girmiştir. Ancak Haçlı seferleri ve Selçuklular'ın gerilemesi sonucu Bizanslılar tekrar bölgeyi ele geçirmiştir.
1206'dan itibaren Türkmenler, Balıkesir ve çevresine akınlar düzenlemeye başlamıştır. Bu göçlerle bölge Türkleşmeye başlamıştır, ayrıca Moğol baskınından kaçan Türk kabileleri de burada yerleşmiştir. Bu dönemde Balıkesir, Selçuklu Devleti'nin zayıfladığı bir döneme denk gelir.
Balıkesir'e yerleşen Türkmenler arasında Karesi Beyliği'nin temelleri atılmıştır. Karesi Beyliği, Balıkesir merkez olmak üzere birçok şehri içine alan bir beyliktir. Bu dönemde Balıkesir ve çevresi hem ekonomik hem de kültürel olarak büyümüştür, ancak zaman içinde Karesi Beyliği iç sorunlarla karşı karşıya kalmış ve sonunda Osmanlılar tarafından fethedilmiştir.
Karesi Beyliği'nin Osmanlılar tarafından fethedilmesiyle Balıkesir, Osmanlı İmparatorluğu'nun bir vilayeti haline gelmiştir. Osmanlı döneminde hem askeri hem de ekonomik açıdan önemli bir şehir olan Balıkesir, yerleşik düzene geçmiş Türkmenler, diğer Türk boyları ve yerli halkı bünyesinde barındırmıştır.
Ancak Osmanlı İmparatorluğu'nun son dönemlerinde yaşanan sorunlar, Balıkesir'i de etkilemiştir. Dış borçların ödenememesi ve ekonomik sıkıntılar, Avrupa devletlerinin Duyûn-ı Umûmiye idaresini kurmasına neden olmuştur. Osmanlı Devleti'nin zayıflaması, Balkanlardan gelen göçlerle Balıkesir'in nüfus yapısını değiştirmiştir.
Dünya Savaşı'nın ardından Balıkesir, Yunan işgaline uğramıştır. Ancak halkın ve Kuva-yi Milliye'nin direnişi sonucu, Balıkesir ve çevresi Eylül 1922'de Yunan işgalinden kurtarılmıştır. Bu dönemde Balıkesir, Türk Milli Mücadelesi'nin önemli merkezlerinden biri olmuştur.
Balıkesir'in eski adı hakkında çeşitli görüşler bulunsa da, bu ismin kökeni kesin olarak bilinmemektedir. Balıkesir ismi, antik dönemden günümüze kadar farklı etkiler altında değişmiş ve bu zengin tarih boyunca birçok medeniyetin izini taşımıştır. Balıkesir, tarihi mirasıyla günümüzde hala önemli bir şehir olarak varlığını sürdürmektedir.
