Hatay sorunu hat safhada devam ederken, Atatürk hem hastalığıyla hem de zayıf görünmemek adına hastalığı gizlemekle mücadele ediyordu.
Atatürk’ü muayene eden Prof. Dr. Nihat Reşat Belger, Atatürk’e 22 Ocak 1938 tarihinde siroz başlangıcı teşhisini koydu. 28 Şubat 1938’de Balkan dışişleri bakanlarına verilen yemek öncesi burun kanaması geçirdi. Celal Bayar toplantıdan sonra yabancı hekim getirilmesini önerdi. Atatürk, Hatay Meselesi sebebiyle bu teklifi reddetti. Atatürk’ün rahatsızlığıyla ilgili söylentiler artınca 30 Mart 1938’de resmi bir bildiri yayınlandı, endişelenecek bir durumu olmadığı duyuruluyordu.
Hatay’ı bırakmak istemeyen Fransa’nın gazetelerinde, Atatürk’ün durumunun iyi olmadığı yazınca, Atatürk dinlenmeyi bırakıp 19 Mayıs Bayramı etkinlikleri için stadyuma giderek gösterileri izledi. Ardından Mersin’e ve Tarsus’a giderek 5 günlük bir gezi düzenledi ve gittiği yerlerde geçit törenlerini ayakta izledi. Hatay sınırında “Ben ayaktayım!” diyordu.
Mayıs sonunda fenalaşınca hastalığının anlaşılmasını engellemek amacıyla Savanora’ya yerleşti, karnının su topluyordu. Haziran boyunca Savanora’da Hatay için toplantılar yapmaya ve çalışmaya devam etti. Fevzi Çakmak ve Celal Bayar’la toplantılar yaptı. Savanora ile birlikte Erdek’e gidip donanma komutanıyla birlikte Hatay’a yapılacak askeri müdahaleyi görüştü.
Fransa’yla yapılan bir anlaşma gereğince, Kurmay Albay Şükrü Kanatlı kumandasındaki birliklerimizle, 4 Temmuz’da Türk ordusunun Hatay’a girişi gerçekleşti. 9 Temmuz’da Atatürk fenalaştı ve uzun süre ateşi düşmedi. 24 Temmuz’da, ateşi düşer düşmez Celal Bayar’la ve bürokratlarla toplantılar yaptı. Bu tarihten sonra da Büyükelçilerle görüştü ve çalışmalarına devam etti.
Eylül ayına gelindiğinde karnı yeniden su topladı. Büyük sancılar çekmeye başladı. Operasyonla karnından su alındı. 26 Eylül’de kısa süreliğine komaya girdi. 28 Eylül’de Atatürk, Barbaros’u anma nedeniyle denizde düzenlenen ışık oyunlarını, Dolmabahçe Sarayı’nın penceresinden izledi.
Ekim ayında ölüme meydan okurcasına dış işleri bakanı, başbakan, Mareşal Fevzi çakmak ve büyükelçiler ile farklı tarihlerde toplantılar yapmaya devam etti. Ekim ayı sonunda Cumhuriyet Bayramı vardı ve Atatürk ilk defa bayrama katılamadı. Atatürk’ü göremeyen halk Dolmabahçe’ye koştu, Atatürk balkona çıktı uzun süre halkı selamladı.
Ölümüne ve komaya girmesine dört gün kala Celal Bayar’la toplantı yaptı. Hastalığının başından sonuna kadar, Hatay meselesi henüz çözülmediği için insanüstü bir çabayla hem ayaktayım mesajı vermiş, hem de son ana kadar Türkiye’ye hizmet etmeye devam etmişti. Atatürk, hep içki ve sigaradan öldü diye anılır, halbuki tedavi olmak, istirahat etmek yerine son ana kadar Hatay Meselesi için sağlığını heba etmiş ve ölüme yürümüştür.